Интегральная часть заповеди, предписывающей вести счет Омера — связь со временем. Считают Омер не в любое время суток, но — вечером, после захода солнца. И поэтому действует общее правило: женщина не обязана соблюдать заповеди, выполнение которых ограничено конкретным периодом времени.

Впрочем, некоторые великие Учителя не сообщают о том, что женщинам считать Омер — не обязательно, основываясь на мнении предшественников, что сегодня это — не заповедь Торы, а постановление Учителей. И еще — память о заповеди Торы, которая соблюдалась в прежние времена.

Другие Учителя постановили, что женщине не только можно считать Омер, но и, если она будет это делать (без берахи, благословения) — она поступит правильно.

И есть и иные нюансы в логических построениях тех, кто разрешает или рекомендует женщинам вести счет Омера. Чтобы не перегружать ответ, ссылки на статьи и параграфы соответствующих книг здесь не привожу.

Однако многие великие Учителя постановили, что женщине ни в коем случае не следует считать Омер. Основой такого решения стали, в том числе, и посвященные этому тексты в книге Зогар (на что Вы, собственно, и ссылаетесь), к главам Эмор и Тецаве.

Глубину понимания текста Зогара, как правило, невозможно постичь без того, что раскрыл нам великий Ари (раби Ицхак Лурия Ашкенази, один из крупнейших каббалистов; Эрец Исраэль, 16-й век). В свою очередь, слова самого Ари нам не понять без разъяснений великого мудреца — Сар Шалом Шараби а-Мизрахи (известен по сокращению имени — РаШаШ). Он родился в Йемене и затем жил в Иерусалиме, примерно через 150 лет после великого Ари (то есть, в середине 18-го века).

Из книг Ари, с разъяснениями Рашаша, мы узнаем, что неизмеримо сильный Свет, который нисходит в мир в ночь первого дня Песаха (ночь Пасхального Седера), на следующий день резко ослабевает. И состояние мира, напоминает ситуацию, в которой оказывается новорожденный ребенок. Из утробы матери, где он постигает Мудрость Торы, ребенок попадает в наш мир. В мир, в котором он в первые дни ничего не может, ничего не знает. И в течение жизни ему придется «наверстывать потерю», изучая Тору и совершая добрые дела.

В этом — глубинная суть «дней счета Омера». Все эти 49 дней — дни стремления получить Свет. Стремление получить Свет — качество «женской стороны мира». А, кроме того — в этот период в мире усиливаются возможности более строгого отношения к нам Небес.

Такие периоды характеризуются термином «диним» (мн. число от слова дин — суд, строгость). В отличия от периодов, которые характеризуются термином «хасадим» (мн. число от слова хесед — увеличение Света, добра и т.п.).  

Поэтому, как раскрывает великий Ари и разъясняет великий Рашаш, Зогар отмечает, что женщинам нельзя участвовать в счете Омера, чтобы не увеличились диним.

А теперь — практическая рекомендация.

Я, разумеется, ни в данном случае, ни в каких-либо других, когда позиции великих Учителей — расходятся, не стану даже пытаться и намеком высказывать мысль, кто из Учителей «ближе к Истине». Ибо все, о чем говорят наши Учителя — различные грани Истины. Поэтому здесь лишь обозначу, как, по моим представлениям, следует поступать женщине:

1. Вечером  вообще не вести счет Омера (даже и без берахи).

2. Утром отметить про себя, какой счет Омера выпадает на этот день.

3. Впрочем, на то, чтобы отметить про себя порядковый счет наступающего дня и накануне вечером, запрета нет. Однако в этом случае, я посоветовал бы делать это не во время захода солнца, но — позднее, через несколько часов.  

Рекомендую прочесть на сайте и мой «сокращенный» ответ «Сефират а-омер — заповедь и для женщин?».